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関係の可視化: ハチミツについて 🍯


関係の可視化 - スケッチノート by @nitya

自然に焦点を当てた研究を続けながら、さまざまな種類のハチミツ間の関係を示す興味深い可視化を探ってみましょう。このデータセットはアメリカ合衆国農務省から得られたものです。

約600項目のデータセットには、アメリカの多くの州でのハチミツ生産が表示されています。例えば、州ごとのコロニー数、コロニーあたりの収量、総生産量、在庫、1ポンドあたりの価格、そして1998年から2012年までの各州の年間生産価値を確認できます。

特定の州の年間生産量とその州のハチミツ価格の関係を可視化するのは興味深いでしょう。または、州ごとのコロニーあたりのハチミツ収量の関係を可視化することもできます。この期間には、2006年に初めて確認された「コロニー崩壊症候群（CCD）」(http://npic.orst.edu/envir/ccd.html)が含まれており、研究する価値のあるデータセットです。🐝

講義前のクイズ

このレッスンでは、以前使用したSeabornを使って、変数間の関係を可視化する方法を学びます。特に興味深いのは、Seabornのrelplot関数を使用して、散布図や折れ線グラフを作成し、データ科学者が変数間の関係をよりよく理解できるようにする「統計的関係」を迅速に可視化することです。

散布図

州ごとのハチミツ価格が年々どのように変化しているかを示す散布図を作成します。Seabornのrelplotを使用すると、州ごとのデータを便利にグループ化し、カテゴリカルデータと数値データの両方のデータポイントを表示できます。

まず、データとSeabornをインポートしましょう:

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
honey = pd.read_csv('../../data/honey.csv')
honey.head()

ハチミツデータには、年や1ポンドあたりの価格など、いくつか興味深い列が含まれています。このデータをアメリカの州ごとにグループ化して探索してみましょう:

state	numcol	yieldpercol	totalprod	stocks	priceperlb	prodvalue	year
AL	16000	71	1136000	159000	0.72	818000	1998
AZ	55000	60	3300000	1485000	0.64	2112000	1998
AR	53000	65	3445000	1688000	0.59	2033000	1998
CA	450000	83	37350000	12326000	0.62	23157000	1998
CO	27000	72	1944000	1594000	0.7	1361000	1998

州ごとのハチミツの1ポンドあたりの価格とその州の出身地との関係を示す基本的な散布図を作成します。y軸をすべての州を表示できるように十分に高く設定してください:

sns.relplot(x="priceperlb", y="state", data=honey, height=15, aspect=.5);

次に、ハチミツの色合いを使用して、価格が年々どのように変化しているかを示します。これを行うには、'hue'パラメータを追加して、年ごとの変化を表示します:

✅ Seabornで使用できるカラーパレットについて詳しく学びましょう - 美しい虹色のカラースキームを試してみてください！

sns.relplot(x="priceperlb", y="state", hue="year", palette="YlOrBr", data=honey, height=15, aspect=.5);

このカラースキームの変更により、ハチミツの1ポンドあたりの価格が年々明らかに強い進行を示していることがわかります。実際、データのサンプルセットを確認すると（例えばアリゾナ州を選択）、年々価格が上昇するパターンがいくつかの例外を除いて見られます:

state	numcol	yieldpercol	totalprod	stocks	priceperlb	prodvalue	year
AZ	55000	60	3300000	1485000	0.64	2112000	1998
AZ	52000	62	3224000	1548000	0.62	1999000	1999
AZ	40000	59	2360000	1322000	0.73	1723000	2000
AZ	43000	59	2537000	1142000	0.72	1827000	2001
AZ	38000	63	2394000	1197000	1.08	2586000	2002
AZ	35000	72	2520000	983000	1.34	3377000	2003
AZ	32000	55	1760000	774000	1.11	1954000	2004
AZ	36000	50	1800000	720000	1.04	1872000	2005
AZ	30000	65	1950000	839000	0.91	1775000	2006
AZ	30000	64	1920000	902000	1.26	2419000	2007
AZ	25000	64	1600000	336000	1.26	2016000	2008
AZ	20000	52	1040000	562000	1.45	1508000	2009
AZ	24000	77	1848000	665000	1.52	2809000	2010
AZ	23000	53	1219000	427000	1.55	1889000	2011
AZ	22000	46	1012000	253000	1.79	1811000	2012

色ではなくサイズを使用してこの進行を可視化する別の方法があります。色覚異常のユーザーにとっては、これがより良い選択肢かもしれません。価格の増加を点の円周の増加で示すように可視化を編集してください:

sns.relplot(x="priceperlb", y="state", size="year", data=honey, height=15, aspect=.5);

点のサイズが徐々に大きくなっているのがわかります。

これは単純な需要と供給の問題でしょうか？気候変動やコロニー崩壊などの要因により、年々購入可能なハチミツが減少し、その結果価格が上昇しているのでしょうか？

このデータセット内のいくつかの変数間の相関関係を発見するために、折れ線グラフを探索してみましょう。

折れ線グラフ

質問: ハチミツの1ポンドあたりの価格は年々明確に上昇しているのでしょうか？これを最も簡単に発見する方法は、単一の折れ線グラフを作成することです:

sns.relplot(x="year", y="priceperlb", kind="line", data=honey);

答え: はい、2003年頃を除いて。

✅ Seabornはデータを1本の線に集約しており、「各x値での複数の測定値を平均とその平均周辺の95%信頼区間をプロットすることで表示」しています。出典。この時間のかかる動作は、ci=Noneを追加することで無効にできます。

質問: では、2003年にはハチミツ供給の急増も見られるのでしょうか？年々の総生産量を見てみたらどうでしょう？

sns.relplot(x="year", y="totalprod", kind="line", data=honey);

答え: そうではありません。総生産量を見ると、実際にはその年に増加しているように見えますが、一般的にはこれらの年の間に生産されるハチミツの量は減少しています。

質問: その場合、2003年頃のハチミツ価格の急上昇の原因は何だったのでしょうか？

これを発見するために、ファセットグリッドを探索してみましょう。

ファセットグリッド

ファセットグリッドはデータセットの1つのファセット（この場合は「年」を選択して、生成されるファセットが多すぎないようにします）を取り、Seabornが選択したx座標とy座標のプロットを各ファセットごとに作成します。これにより、比較が容易になります。2003年はこのタイプの比較で際立っているでしょうか？

Seabornのドキュメントで推奨されているように、relplotを使用してファセットグリッドを作成します。

sns.relplot(
    data=honey, 
    x="yieldpercol", y="numcol",
    col="year", 
    col_wrap=3,
    kind="line"

この可視化では、コロニーあたりの収量とコロニー数を年々並べて比較できます。列のラップを3に設定します:

このデータセットでは、州ごとの年々のコロニー数とその収量に関して特に目立つものはありません。これら2つの変数間の相関関係を見つける別の方法はあるでしょうか？

デュアルラインプロット

Seabornの'despine'を使用して上部と右側のスパインを削除し、Matplotlibから派生したax.twinxを使用して2つの折れ線グラフを重ねて表示してみましょう。Matplotlibのドキュメントによると、Twinxはx軸を共有し、2つのy軸を表示することができます。コロニーあたりの収量とコロニー数を重ねて表示します:

fig, ax = plt.subplots(figsize=(12,6))
lineplot = sns.lineplot(x=honey['year'], y=honey['numcol'], data=honey, 
                        label = 'Number of bee colonies', legend=False)
sns.despine()
plt.ylabel('# colonies')
plt.title('Honey Production Year over Year');

ax2 = ax.twinx()
lineplot2 = sns.lineplot(x=honey['year'], y=honey['yieldpercol'], ax=ax2, color="r", 
                         label ='Yield per colony', legend=False) 
sns.despine(right=False)
plt.ylabel('colony yield')
ax.figure.legend();

2003年頃に目立つものはありませんが、全体的にコロニー数が減少している一方で、コロニー数が安定していることがわかります。コロニーあたりの収量は減少しているものの、少し希望が持てます。

がんばれ、ミツバチたち！

🐝❤️

🚀 チャレンジ

このレッスンでは、散布図やライングリッドの他の用途について少し学びました。チャレンジとして、以前のレッスンで使用した別のデータセットを使用してファセットグリッドを作成してみましょう。これらの技術を使用して描画するグリッドの数に注意しながら、作成にどれくらい時間がかかるかを確認してください。

復習と自己学習

折れ線グラフはシンプルなものから非常に複雑なものまであります。Seabornのドキュメントで折れ線グラフのさまざまな作成方法について少し読んでみましょう。このレッスンで作成した折れ線グラフを、ドキュメントに記載されている他の方法を使用して強化してみてください。

課題

ハチの巣に飛び込もう

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